Alle aandelen van de Nivora Holding B.V. zijn in handen van stichting Nivora.
Deze stichting heeft als doel de continuïteit van de vijf bedrijven op lange termijn te waarborgen. Daarom gaat de winst van deze bedrijven, na aftrek van de winstdeling voor de medewerkers, naar de stichting. Daar worden deze middelen ingezet voor het behoud van financiële stabiliteit en het doen van investeringen in de bedrijven van de groep.
Nivora Holding is een structuurvennootschap. Een Raad van Commissarissen houdt toezicht op het bestuur van deze vennootschap.